Završni rad (preddiplomski studij): BAZA PODATAKA METALA U PROTEINIMA
Tus, Alan
Šikić, Mile
Na ovim stranicama mogu se pogledati materijali napravljeni u okviru navedenog rada.
metal; protein; lanac; koordinacijski broj; aminokiselina; nukleinska kiselina; ligand; donor; kut; udaljenost
U ovom radu je pružen kratak uvod u ulogu metala u proteinima i nekim dosadašnjim upotrebama njihovih svojstava. Ostvarena je implementacija sustava i baze podataka koji iz centralne baze proteina preuzima sve strukture u mmCIF obliku, obrađuje ih te u bazu podataka pohranjuje strukturu proteina, udaljenosti između donora i metala te vrijednosti kutova između dva donora i metala.
Podatci se obrađuju tako da se odabiru oni proteini koji sadrže barem jedan metal i jedan proteinski lanac s dva donora. Ukoliko protein zadovoljava navedene uvjete izdvajaju se svi metali i donori, računaju se njihove međusobne udaljenosti i sve moguće vrijednosti kutova dvaju donora i metala tako da je metal u vrhu kuta i donori u krakovima.
Baza podataka dobivena ovim radom služi kao bogat izvor informacija o odnosima pojedinih metala s ostatkom proteinske strukture te je primjenjiva u biološkim i kemijskim istraživanjima.
- Sučelje za pretraživanje baze podataka metala u proteinima (link)
This paper gives a brief insight into the role of metal sin proteins and some of their potential uses in everyday life. A system has been created that uses the central protein databank to parse all the protein structures in their mmCIF format, analyze the data and store the results into a local database. The results consist of the protein structure, distances between metals and donors and angles between two donors and a metal.
The data is being analyzed in such a manner that all protein structures that contain at least one metal and one protein chain with two donors are accepted. Afterwards, all the metals and their donors are extracted from the structure. They are used to calculate the distances and angles.
The final product is a database that can serve as a rich source of information and can therefore be used in various scientific researches.
Keywords: metal, protein, chain, coordination number, aminoacid, nucleic acid, ligand, donor, angle, distance
2011-06-19 13:30:58
2012-05-10 18:06:05
postavka studenta DA, postavka mentora NE